腹膜种植的异位病灶应行手术切除，单纯进行汽化或烧灼并不能完全破坏异位的内膜病灶。对腹膜子宫内膜异位病变的诊断必须通过组织病理学检查确诊，单凭肉眼不能诊断。有研究指出，腹膜表面的黄褐色病变中只有47%，被证实为子宫内膜异位症，在腺泡状病变中67％发现子宫内膜异位症，而在白色片段和红色火焰状毛细血管扩张充血病变中子宫内膜异位症的检出率达81％。即使最有经验的手术医生肉眼诊断的正确率也只有81％，而普通医生的肉眼确诊率只有41％。活检结果表明至少有7％的病变漏切，而对于广泛的盆腔病变漏诊率高达50％。因此，正确的诊断以免给患者造成精神负担和不必要的药物治疗是极为重要的。
                                                  
　  盆腔腹膜上的肉芽疤痕或血管组织有时很像子宫内膜异位症，所以在治疗前一定要明确诊断，治疗仍以病灶切除为首选。尽管大多数的内膜异位症并不具有浸润生长的特点，但也有一定数量的异位病灶其病变深度超过5mm以上。术后复发的病例很可能是由于对病灶的破坏程度不够，或是由于病灶表浅不需要深部处理，或是怕损伤膀胱、肠管、输尿管或血管等而对病灶的破坏深度不够。
                                                   
　  研究发现大约有13％邻近异位病变处的正常内膜上存在有隐匿的子宫内膜异位症，而对切除的病变部位进行组织学检查则发现大约50％的病例切除不够完全，在切除的组织边缘仍有异位病灶存在，因此，无论手术切除或电热凝固的范围必须包括病变组织及其周围1～2cm的正常组织。这里需要指出的是，当使用热凝的方法破坏异位病灶时，由于热凝使病灶表面炭化形成焦痂，会影响对破坏深度和范围的了解，而使用激光汽化或透热刀尖切割即可避免上述弊端，后者常用的功率设置为80W的切割电流。
                                                   
　  盆腔子宫内膜异位症的最常见复发部位是在骨盆侧壁输尿管附近腹膜上、膀胱表面、直肠表面、阴道和直肠周围腹膜上。通过切除手术的方法可以安全地切除异位在输尿管上和浸润到膀胱壁、阴道和直肠壁内的病变，而且手术切除病灶不使用激光，节省费用，同时也可以减少不必要的瘢痕形成。在无对照组的研究中发现，通过手术切除骨盆侧壁腹膜上的子宫内膜异位病灶，其三年后的复发率较热凝法低。